Le Crapaud calamite est un Anoure d'aspect trapu pouvant atteindre 10 cm de longueur environ, mais généralement il ne dépasse pas les 7 cm-8 cm. Il possède des pattes courtes et se déplace sans sauter, en trottinant rapidement (de loin, on peut croire à la fuite d'un micro-mammifère). Les glandes parotoïdes sont parallèles, contrairement au Crapaud épineux (Bufo spinosus) qui a des glandes parotoïdes obliques. Les pupilles sont horizontales (comme chez B. spinosus) et entourées d’un iris jaune-verdâtre caractéristique, qui permet instantanément de le distinguer du C. épineux. Les tubercules sous l’orteil le plus long sont généralement disposés par paires. La peau est moins fortement pustuleuse que chez le Crapaud épineux et la robe est très différente : tachetée de blanc et de verdâtre, avec parfois quelques verrues rougeâtres. En outre, le C. calamite porte presque toujours une ligne vertébrale de teinte pâle, caractère diagnostique généralement très visible. Le mâle, à gorge bleutée/violacée, possède un sac vocal très efficace, du même type que celui des rainettes (Hyla meridionalis et H. arborea), qui produit un son audible à plusieurs centaines de mètres (voire quelques km par vent favorable et lorsque les chanteurs sont nombreux). Le chant de cette espèce évoque vaguement certaines stridulations d'orthoptères, plus particulièrement celles de la Courtilière ou "Taupe-grillon" (gros insecte fouisseur), ce qui peut parfois induire en erreur les batrachologistes (ou orthoptéristes) débutants.